Beschränkt man sich beispielsweise in den Naturwissenschaften nicht auf Gesetzmäßigkeiten und Formeln, dann darf auch der gesamte Naturkundeunterricht der ersten Schuljahre als Teil der naturwissenschaftlichen Ausbildung angesehen werden. Als Schulfächer treten die unterschiedlichen Richtungen der Naturwissenschaften dann bereits im Laufe der Mittelstufe ab der fünften Klasse auf. Als erstes beginnen die Kinder der fünften Klassen mit Geografie, Physik kommt in der sechsten Klasse und Chemie in der siebten Klasse hinzu. Das Fach Biologie wird ab der neunten Klasse unterrichtet und folgt auf die Pflanzen-, Tier- und Menschenkunde in der Mittelstufe. In unserer Oberstufe, also ab Klasse neun, werden die naturwissenschaftlichen Fächer von Fachlehrern in eigens dafür vorgesehenen Fachräumen unterrichtet.
Wesentlich für die Auswahl der Themengebiete bleibt wie bei allen Lerninhalten der Waldorfschule auch hier der altersgemäße Bezug zum Kind oder Jugendlichen. So wird beispielsweise in einer achten und neunten Klasse das Knochen- und Muskelsystem des Menschen behandelt. Die pubertierenden jungen Menschen müssen es nun schaffen, die in diesem Alter besonders stark empfundene Schwere zu überwinden. Zeitgleich wird im Geografie-Unterricht beispielsweise der innere Aufbau unserer Erde besprochen.
Die klassische Mechanik mit ihren klaren Gesetzmäßigkeiten lassen wir die Schüler*innen in der zehnten Klasse erleben. Sie erkennen, dass die Welt durch unsere Denkfähigkeit verstanden, geordnet und beherrscht werden kann. Auch in der Geografie wird deutlich, wie Strömungen, Magnetfeld und Klimazonen zum Organismus Erde zusammenwirken. In der elften Klasse sind die Schüler*innen in der Lage, mit ihrer Vorstellungskraft über das Beobachtbare und das Begreifbare hinauszugelangen. Damit können zum Beispiel in der Chemie die Arbeit mit dem Periodensystem beginnen und Modellvorstellungen atomarer Strukturen entwickelt werden. Ebenso wird die Biologie bis hinein zur Zelllehre betrieben. In der zwölften Klasse soll den Schüler*innen ihre Stellung und Mitwirkung in der Welt bewusst werden. Dieses kann exemplarisch in der Optik aufgezeigt werden, wo bereits bei der Bildung einer Vorstellung von Licht und spätestens beim Einstieg in die Quantenphysik die Rolle der/des Untersuchenden deutlich wird.